É por influência do tio Armando Pinto, entusiasta de futebol que fora presidente do Famalicão, que Jorge Nuno Pinto da Costa começa a interessar-se por futebol. Tinha 14 anos quando, no dia 28 de Maio de 1952, pela mão do tio, assistiu à pomposa cerimónia de inauguração do Estádio das Antas.
Desde então não mais se desligou do clube, nem mesmo quando se encontrava longe do Porto, procurando sempre que possível ouvir o relato das partidas. Quando completa 16 anos, em Dezembro de 1953, a avó materna inscreve-o como sócio do FC Porto.
Após terminar os estudos secundários, Pinto da Costa começou a trabalhar como bancário, no Banco Português do Atlântico. Com cerca de 20 anos, é convidado pelo responsável pela secção de hóquei em patins para ocupar o lugar de vogal, e aceita. Em 1962 passaria a chefe de secção, cargo que viria a acumular com o de chefe da secção de hóquei em campo. Em 1967 passa a ser também chefe da secção de boxe, onde conhece Reinaldo Teles, na altura atleta da modalidade.
Entretanto abandona o Banco onde trabalhava e nos anos seguintes passou por várias empresas, como vendedor, chefe de vendas e empresário, e pelo ramo imobiliário.
Em 1969, é convidado por Afonso Pinto de Magalhães a integrar a sua lista para as eleições desse ano como director das modalidades amadoras. Assim, Pinto da Costa assume pela primeira vez um cargo eleito no FC Porto, de 1969 a 1971. No final desse período, apesar de ter sido convidado por Américo de Sá a candidatar-se com ele, recusou o convite por considerar que o novo candidato deveria apresentar-se às urnas com uma lista totalmente renovada.
Em Maio de 1976, é eleito dirigente na lista de Américo de Sá, tornando-se chefe do departamento de futebol. Pinto da Costa iniciou a sua carreira como director desportivo de forma polémica, trazendo para o FCP o treinador José Maria Pedroto, que fora afastado do clube e proibido de entrar nas suas instalações. Assumiu, desde o início, a postura que o tornou célebre, com as declarações polémicas que ainda hoje mantém. Alterou a organização do clube e a forma de relacionamento com os jogadores.
É com Américo de Sá como presidente, Pinto da Costa como director do futebol e Pedroto como treinador que o FC Porto consegue, ser campeão nacional na época de 1977-78, quebrando um jejum de 19 anos sem vencer um campeonato nacional. Na época seguinte, o FC Porto tornar-se-ia bi-campeão de Portugal. Apesar disso, Pinto da Costa e Pedroto acabam por abandonar o FC Porto em 1980, no chamado "Verão quente" portista.
Em Dezembro de 1981 as coisas corriam mal ao FC Porto, parecia estar de volta o tempo antes de Pinto da Costa ter sido chefe do departamento do futebol e é então que um grupo de sócios se une com o objectivo de convencer Pinto da Costa a candidatar-se à presidência do clube. Relutante em assumir a liderança, o antigo chefe do departamento de futebol na série de dois títulos consecutivos, aceita finalmente ser candidato. Com o slogan, “se quer um FC Porto forte em Portugal e na Europa vota na Lista B – Jorge Nuno Pinto da Costa” e com uma agressiva campanha eleitoral com sessões de esclarecimento de sala cheia na cidade do Porto e nos arredores, que levou o outro concorrente, Afonso Pinto de Magalhães, a desistir a poucos dias das eleições, Jorge Nuno Pinto da Costa vence as eleições de 17 de Abril de 1982, tornando-se o 33º presidente do FC Porto.
A 23 de Abril de 1982, as ruas do Porto enchem-se para festejar a tomada de posse do novo presidente do Futebol Clube do Porto. Do FC Porto de então dizia-se que sofria do «complexo da Ponte da Arrábida», que começava a perder logo que atravessava a ponte. No discurso de tomada de posse, Pinto da Costa deu o mote, para a sua longa presidência: «Lisboa não pode continuar a colonizar o resto do País. O desejo deles é que o FC Porto desça de divisão». A talvez sua frase mais famosa, traduz claramente a profunda rivalidade, quase insana, entre por um lado Benfica e Sporting, e do outro lado, o FC Porto.
No prosseguimento da sua “descolonização”, para que não fosse apenas Lisboa a ter o prestígio desportivo, Pinto da Costa trava em 1983, uma batalha para que a final da Taça de Portugal fosse, nesse ano, no Estádio das Antas. “Ou a final é no Estadia das Antas ou não há Final”. Foi e o Benfica ganhou a final à equipa da casa, por 1-0, com uma "bomba" de Carlos Manuel.
Aquando da sua eleição, Pinto da Costa prometera uma final europeia: cumpriu a promessa em Basileia a 16 de Maio de 1984. No entanto, o FC Porto, perderia essa final das Taças das Taças, para a Juventus. Devido à doença de Pedroto, que já não tinha orientado a equipa nos últimos meses da época 1983/84, incluindo a final da Taça das Taças, Pinto da Costa vê-se na obrigação de contratar outro treinador. Desta vez, contrata Artur Jorge, que conquistaria os primeiros campeonatos do reinado Pinto da Costa em 1985 e 1986 e partiria à conquista da Europa.
Em 1987, Pinto da Costa assistiu finalmente à primeira vitória do seu clube na Taça dos Campeões Europeus. Em 27 de Maio de 1987, no estádio Prater de Viena, o FC Porto vence Taça dos Campeões Europeus em futebol, batendo na final o poderoso Bayern Munique por 2-1. A 13 de Dezembro desse mesmo ano, em Tóquio, o FC Porto, ganha a Taça Intercontinental, ao derrotar o campeão Sul-americano, o Peñarol por 2-1. Um mês depois, a 13 de Janeiro de 1988 o FC Porto conquista a Supertaça Europeia vencendo no Estádio das Antas, o Ajax por 1-0, depois de já ter vencido na primeira-mão, em Amesterdão, por 1-0.
Entretanto, tinha sido inaugurado, em 5 de Agosto 2002, o Centro de Treinos do Olival, um projecto financiado pela Fundação Porto/Gaia, que inclui o F.C. Porto e a Câmara Municipal de Gaia e a 16 de Novembro de 2003, o novo e moderno recinto desportivo do clube: O Estádio do Dragão.
A 20 de Abril de 2004, a Polícia Judiciária, através da Directoria do Porto, desencadeou, uma vasta acção policial, destinadas a verificar a existência de comportamentos ilícitos, susceptíveis de alterarem a verdade e lealdade na competição desportiva e os seus resultados. A esta operação foi dada o nome de “Apito Dourado”.
No decurso da complexa operação, a Polícia Judiciária procedeu à detenção de 16 pessoas, dirigentes desportivos e árbitros, incluindo o presidente da Liga de clubes e da Câmara Municipal de Gondomar, Valentim Loureiro, o líder da arbitragem da FPF, Pinto de Sousa, e o presidente do Gondomar SC e vice-presidente da Câmara de Gondomar, José Luís Oliveira.
A 2 de Dezembro de 2004, a Polícia Judiciária desloca-se a casa de Pinto da Costa, com mandados de busca e detenção, mas não encontra o Presidente do FC Porto. O árbitro Jacinto Paixão é detido no âmbito da investigação de um alegado esquema com prostitutas após o jogo FC Porto – E. Amadora, bem como Augusto Duarte, José Chilrito e Manuel Quadrado e o empresário António Araújo. No dia seguinte, Pinto da Costa comparece no Tribunal de Gondomar. Os interrogatórios são adiados quatro dias e a 7 de Dezembro o presidente portista é interrogado, saindo em liberdade mediante uma caução de 200 mil euros. Em 31 de Janeiro de 2006, o Ministério Público acusa 27 arguidos no processo de Gondomar, incluindo Valentim Loureiro, José Oliveira e Pinto de Sousa, extraindo 81 certidões que são remetidas a diversas comarcas.
A 1 de Dezembro de 2006, é publicado o livro "Eu, Carolina", da autoria da ex-companheira de Pinto da Costa, Carolina Salgado, que volta a trazer para as primeiras páginas dos jornais o processo «Apito Dourado», ao revelar várias acusações.
Logo de seguida, a 14 de Dezembro, o Procurador-Geral da República, Pinto Monteiro, nomeia Maria José Morgado como coordenadora do caso «Apito Dourado», com poderes para reabrir processos. A 16 de Janeiro de 2007, Maria José Morgado assina despacho onde reabre oficialmente os processos conexos ao de Gondomar, justificando a decisão com as declarações de Carolina Salgado.
A 22 de Junho de 2007, Pinto da Costa é acusado de corrupção desportiva activa, no Nacional -Benfica da época 2003/04, depois de ter sido constituído arguido nos casos dos jogos FC Porto - E. Amadora e Beira Mar-FC Porto.
Em 2005 publicou a sua autobiografia, “Largos Dias Têm Cem Anos”, com prefácio de Lennart Johansson, presidente da UEFA entre 1990 e 2007, onde este afirma que “O mapa do futebol português foi virado de pernas para o ar. O domínio dos clubes lisboetas foi apagado”.
Disse um dia Francisco Lucas Pires, um grande benfiquista, que o único dirigente desportivo com direito a biografia seria Jorge Nuno Pinto da Costa. Apesar de não ser a biografia oficial, já tem desde de Maio de 2007, “PINTO DA COSTA - Luzes e Sombras de um Dragão”, escrita a quatro mãos, por Felícia Cabrita e Ana Sofia Fonseca.